במשך שנים עסקו בישראל ארגונים שונים ואנשי ונשות מקצוע בחינוך למיניות באופן עצמאי ולא מאורגן. בשנים האחרונות חלה פריחה בתחום ועלה צורך מהשטח למסד את מקצוע החינוך המיני, להתוות סטנדרטים להכשרה, לייצר קוד אתי, להגדיר את גבולות המקצוע ואת הדרישות המקצועיות לעוסקים ולעוסקות בו. זאת מתוך האמונה שיחדיו ביכולתנו לחזק ולהנגיש את החינוך המיני בישראל.

ועדת היגוי להקמת האגודה פעלה כשנה כדי לזהות את הצורך הקיים בשטח לביסוס הפרופסייה לחינוך מיני. ועדת ההיגוי כללה ארגונים וגופי הכשרה, מחנכים.ות בבתי ספר, מפעילי.ות תוכניות חינוכיות עצמאיות וחוקרים.ות מהאקדמיה. הרכב הוועדה כלל נציגות מהחברה הכללית, הערבית, הדתית, ארגוני הלהט"ב והחינוך המיוחד.

חברות וחברי הוועד המנהל פועלים.ות בהתנדבות, על פי תקנון העמותה. מקורות המימון לפעילות העמותה מבוססים בעיקרם על דמי חברות באגודה. ארגונים ויחידים.ות החברים באגודה מחויבים לפעול על פי תקנון העמותה, חזון ומטרות האגודה, והקוד האתי של האגודה.

לצד הוועד המנהל של האגודה, פועלות באגודה מספר וועדות נוספות התומכות בפעילות הוועד:

• ועדת ביקורת – יו"ר הוועדה גלית מילצ'ן
• ועדת אתיקה – יו"ר הוועדה יעל טל פואה
• ועדת כנסים, ימי עיון והשתלמויות – יו"ר הוועדה סהר גל
• ועדת סטנדרט למקצוע – יו"ר הוועדה ד"ר מיכל פרינס
• וועדה מקצועית מלווה – יו"ר הוועדה מרגנית ארז ואיתי אמדורסקי